XVI век. Эпоха Мин. Шао Цзюнь, последний ассасин Китайского братства, после убийства всех своих собратьев придворными императора бежит за границу. Позже, вернувшись на родину, она убивает Гао Фэна, одного из Восьми тигров, приближённых нового императора. Ассасин отправляется и за остальными, чтобы отомстить и вернуть похищенное у неё сокровище. События, которые разворачиваются перед вами, — память предков, сохранившаяся в генах девушки Лизы из Японии. Она переживает из-за своей склонности к насилию и начинает проходить курс лечения под присмотром доктора Кагами из "Абстерго". Но, похоже, доктор преследует совсем другую цель…