Вторая книга комикса "Y: Последний мужчина" рассказывает о событиях, произошедших после того, как в 2002 году мир навсегда изменился. Повсюду на земле все мужчины и мальчики, все млекопитающие с Y-хромосомой умерли. Из-за гибели более чем половины человечества шестерёнки общества застопорились. Теперь перед женщинами стоит задача: собрать мир по частям и уберечь цивилизацию.

"Гендерцид", впрочем, оказался не вполне тотальным. По неведомым причинам молодой человек Йорик Браун и его ручной капуцин Амперсанд остались живы. За одну ночь безвестный юнец оказался главным человеком на планете – возможным ключом к загадке гендерноспецифической эпидемии. 

А самый важный для самого Йорика человек находится за 10 000 миль от него, и юноша готов на всё, чтобы её отыскать. Однако пускаясь в путь по миру, где остались одни женщины, парнишка и обезьянка обнаруживают, что за ними охотятся.